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提出訴訟時，首要的是證據。在專利侵權分析的舉證時，如果同時由數家鑑定機構卻鑑定出不同的結果，以專利權人的立場而言，在提起訴訟時，以提出對自己有利的鑑定報告為主。

而為了避免被提出反證的風險，一開始在進行專利侵權分析的時候，所欲主張之專利權標的，最好清楚的依據專利說明書的"申請專利範圍"，再參考整個專利說明書的內容，依專利法的審查原則來鑑定，以避免鑑定過於廣泛而不易明確。

最後要證明對方是否故意，當發現侵權行為時，可先寄發存證函警告侵權行為人，促其停止侵權行為。若其不予理會，爾後在法院提起專利侵權訴訟時，便可使法院據以判定侵權人之行為係屬故意。